En las partes bajas del estado el clima es seco y desértico, con excepción de Los Cabos (donde termina la península de Baja California), un espacio geográfico que presenta condiciones cálidas y subhúmedas durante casi todo el año; además, este municipio es considerado como zona de influencia de ciclones.
Durante el verano los termómetros sobrepasan los 40° centígrados en Baja California Sur, mientras que en el invierno -especialmente en las zonas altas de la sierra La Laguna (2,080 m.s.n.m.)- la temperatura desciende considerablemente, llegándose a niveles bajo cero.
Las lluvias son escasas en todo el estado y los vientos soplan de oeste a sur durante la primavera, de sur al suroeste en verano, de norte y al noroeste en invierno y del noroeste en otoño.
Clima
En el estado de Baja California Sur, predomina el clima Muy seco (92%). Se encuentra también clima Seco y semiseco (7%) y Templado subhúmedo (1 %) en la región de la sierra de La Laguna.
La temperatura media anual es 18 a 22°C.
La temperatura promedio más alta, de 35°C, se presenta en los meses de julio y agosto, la más baja es de 9°C y se registra en enero.
En la ciudad de Loreto se han registrado temperaturas máximas extremas de 40°C en los meses de mayo a septiembre.
Las lluvias son muy escasas y se presentan durante el verano, la precipitación total anual promedio en el estado es menor a 200 mm.
Debido a la escasa precipitación la poca actividad agrícola que se practica es de riego en Valle de Santo Domingo donde se cultiva: algodón, trigo, alfalfa verde, frijol, jitomate, cártamo, chile verde y papa.
Rojo es seco

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